あの日見た花の名前を僕達はまだ知らない。
宿海仁太(じんたん)、本間芽衣子(めんま)、安城鳴子(あなる)、松雪集(ゆきあつ)、鶴見知利子(つるこ)、久川鉄道(ぽっぽ)の小学生6人は大の仲良しで、「超平和バスターズ」と名乗り、秘密基地に集まって遊ぶ楽しい日々を過ごしていた。しかし、ある夏の日、芽衣子が事故で亡くなり、残された5人の心は離れ離れになってしまう。時は流れ、高校1年生になった仁太の前に、死んだはずの芽衣子が成長した姿で現れる。その姿は仁太にしか見えず、芽衣子は超平和バスターズのみんなに願いをかなえてほしいと言うが、その願いが何であるのか芽衣子自身も思い出すことができない。離れ離れになっていた超平和バスターズは、このことをきっかけに再び集い、芽衣子の願いをかなえようとするが……。TVシリーズで描かれなかった過去の出来事や、TVシリーズ最終話から1年後の成長した仁太らの姿も描かれる。